日本人の遺伝子を「47都道府県レベル」で初めて解析することに成功! 四国・近畿がもっとも”渡来人”の遺伝子に近かった

47都道府県と中国・北京の漢民族を対象とした「クラスター分析」
47都道府県と中国・北京の漢民族を対象とした「クラスター分析」 / Credit: 東京大学大学院 理学系研究科
reference: 東京大学

今日の日本人は、1万年以上前から日本にいた「縄文人」と、3〜7世紀に移住してきた「渡来人」との混血した子孫と言われています。

これまでに、日本を7地域に分けて遺伝的な違いと調べた研究がありますが、中国・四国地方は含まれておらず、日本人の正確な遺伝的構造が分かっていませんでした。

そこで東京大学大学院 理学系研究科は、日本人の遺伝的構造を47都道府県レベルで分析し、その詳細を初めて明らかにしました。

10月14日付けで『Journal of Human Genetics』に掲載された報告では、朝鮮半島に地理的に近い九州北部より、四国・近畿地方に渡来人の遺伝子が強く見られたと述べられています。

関東と中部地方は遺伝的に近縁ではない?

研究チームは、ゲノム解析サービス・HealthData Labから約1万1000名のSNP遺伝子型データを用いて、日本人の遺伝的集団構造を調べました。

SNP遺伝子とは、ヒトDNAの塩基配列(A/T/G/C)に0.1%ほどの違いがある中で、1つの塩基の違いによるもの(一塩基多型、SNPのことを指します。

その中でまず、日本人の遺伝子は、「琉球人(沖縄県)」と「本土人(他の46都道府県)」にはっきりと分かれることが確認されました。

遺伝子クラスターは大きく3つに分けられる
遺伝子クラスターは大きく3つに分けられる / Credit: 東京大学大学院 理学系研究科

次に、47都道府県から50名ずつランダムに選んでSNP遺伝子を調べ、そこに「中国・北京の漢民族」も含めたクラスター分析を行っています。

その結果、日本人のクラスターは、「沖縄地方」「東北・北海道地方」「近畿・四国地方」「九州・中国地方」の4つに大別されました。また、関東と中部の各県については1つのクラスターに収まらなかったようです。

これは、関東と中部地方が遺伝的に近縁ではなく、2つをまとめた遺伝子集団の研究は適切でないことを意味します。

九州北部より「四国・近畿」の方が”渡来人”に近いことが判明

さらに、47都道府県を対象に主成分分析を行いました。

主成分分析とは、データの指標(次元)が多すぎる場合に、わかりやすく全体を1〜3次元にまとめるデータ解析法のひとつです(詳しくはこちらから)。

学生の「総合的な学力」や「文系・理系のどちらに強いか」がすぐわかる
学生の「総合的な学力」や「文系・理系のどちらに強いか」がすぐわかる / Credit: 株式会社インテージより

その結果、第1主成分は、沖縄県と46都道府県との遺伝的距離を反映していました。

図を見ると、沖縄県と遺伝的な最も近いのは鹿児島県で、次いで九州と東北も近く、最も遠いのは四国と近畿でした。また、四国・近畿地方は、地理的に近い九州北部よりも、中国・北京の漢民族と遺伝的に近縁であることが判明しています。

それから、第2主成分は、各都道府県の緯度・経度と強く関係していました。

主成分分析の結果
主成分分析の結果 / Credit: 東京大学大学院 理学系研究科

この結果は、「縄文人と渡来人の混血の程度」と「地理的位置関係」が、本土人の遺伝的な地域差を形づくっている原因であることを示します。

従来は、本土人のDNAの8割は渡来人由来とされていますが、四国・近畿地方では、もっと多くの渡来人が流入していたのかもしれません。

このデータを応用すれば、日本列島における縄文人と渡来人の混血の歴史がより詳しく理解できると期待されています。

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